Thành phố Fula được thành lập trên vùng đất cằn cỗi được con người phát triển sau khi Pokémon huyền thoại Lugia ban cho họ sức mạnh của gió. Lễ hội gió được tổ chức hàng năm.

50 năm trước, khu rừng núi gần đó chìm trong biển lửa do con người phá rừng để tìm kiếm Pokémon Zeraora bí ẩn. Hisui, người phụ nữ xây dựng nhà máy điện gió, đã bị bỏng tay khi không cứu được Bulu của mình khỏi cối xay gió đang bốc cháy; cô chỉ có thể lấy được chìa khóa để khởi động tuabin mà Bulu đang giữ. Điều này dẫn đến việc cô ấy trở nên xa cách với Pokémon. Lugia được gọi đến để dọn đám cháy. Với hy vọng bảo vệ Zeraora khỏi loài người, Thị trưởng của thành phố Fula đã nói dối rằng Zeraora đã chết và nguyền rủa ngọn núi. Bí mật này được giữ bởi người kế nhiệm của thị trưởng cũ, Oliver. Ở hiện tại, con gái của Oliver là Largo chăm sóc Zeraora sau khi nó bị thương, cứu Largo và hai Pokémon khác khỏi một trận lở đá ở chân đồi.

Cựu vận động viên điền kinh Lisa đồng ý tham dự lễ hội để bắt một con Eievui hoang dã cho em trai Riku. Satoshi và Pikachu của cậu tham dự lễ hội và tham gia cuộc thi bắt Pokémon. Kagachi tham dự lễ hội với chị gái Mia và con gái Lily. Lily bị suy giảm khả năng miễn dịch, vì vậy Kagachi bịa ra những câu chuyện cổ tích về việc anh ta trở thành nhà huấn luyện viên giỏi nhất dù anh ta thậm chí không có Pokémon nào. Hisui, giờ đã là một bà lão, vì nhận được bản chất của chiêu Pokémon Hương Thơm Ngọt Ngào lên người cô, kết quả là Pokémon sẽ theo cô ấy bất cứ nơi nào cô ấy đi.

Nhận được sự giúp đỡ từ nhà khoa học nhút nhát Torito, kẻ lừa đảo và nói dối Kagachi quyết định thực hiện bài phát biểu của Torito tại phòng thí nghiệm của mình để đổi lấy việc Torito đã giúp anh ta chiến thắng trong cuộc thi bắt Pokémon. Một Usokkie cảu Kagachi bắt đầu theo dõi anh ta. Kagachi bắt đầu khoe khoang về một Pokémon hiếm trong rừng khiến mọi người tò mò, nhưng Largo lại lo lắng. Satoshi xếp thứ hai, và giúp Lisa bắt được Eievui.

Băn khoăn về số lượng Pokémon theo dõi cô, Hisui đến gặp Torito hỏi thuốc giải độc, nhưng nói rằng sẽ mất thời gian cô ở lại với anh ta. Kagachi không thể tham gia bài phát biểu. Torito cố gắng tự mình thuyết trình, nhưng vô tình phát cảnh anh ấy giúp đỡ Kagachi tại cuộc thi kịp thời cho mọi người xem. Bực bội vì những lời nói dối của chú mình, Lily ngất đi vì kiệt sức. Băng Hỏa Tiễn ăn cắp một lọ chiệu thức Hiệu ứng Bào Tử từ phòng thí nghiệm. Tuy nhiên, bộ ba vô tình đánh mất nó trong rừng.

Largo đánh cắp ngọn lửa vĩnh cửu, một ánh sáng được thắp trên tháp cao nhất trong thành phố để liên lạc với Lugia, nhằm ngăn chặn lễ hội và giữ cho Zeraora được an toàn và ẩn mình. Largo cố gắng bảo vệ Zeraora khỏi hai kẻ săn trộm, nhưng họ đã được Satoshi và những người bạn của cậu giải cứu kịp thời. Đột nhiên, chai Hiệu ứng Bào Tử bị vỡ và nhấn chìm phần lớn khu rừng và thành phố và cả nhóm quyết định hợp tác cùng nhau để ngăn chặn nó.

Kagachi phát hiện ra Mia và Lily bị mắc kẹt trong một chiếc thuyền gondola trong khi thành phố đang bị nhấn chìm và chính Usokkie cũng muốn bị anh ta bắt để họ có thể cứu thành phố. Torito đến phòng thí nghiệm và làm việc để chế tạo một loại thuốc giải độc cho Bào tử Hiệu ứng đang đe dọa thành phố. Một ngọn lửa bất ngờ bùng phát trong rừng, làm sặp nguồn điện, nhưng Torito đã sử dụng Quả Ramu của Băng Hỏa Tiễn để tạo ra thuốc giải.

Zeraora thức tỉnh và bắt đầu giải cứu Pokémon. Trong khi Satoshi và Largo quyết định đi theo nó, Lisa được giao nhiệm vụ mang ngọn lửa vĩnh cửu trở lại tòa tháp. Satoshi và Pikachu cuối cùng đấu với Zeraora, Pokémon vẫn không tin tưởng vào con người, nhưng Satoshi và Largo đã vượt qua điều đó và cố gắng giúp dập tắt ngọn lửa. Torito đến nhà máy điện để đưa thuốc giải độc cho Kagachi, người đã ném nó vào tuabin trong khi Hisui và Pokémon xoay các lưỡi kiếm. Lisa đưa ngọn lửa vĩnh cửu lên đỉnh, và Lugia đến để dập lửa. Thị trưởng Oliver thu hồi lời nói dối về sự biến mất của Zeraora và tuyên bố rằng các công dân sẽ sống hòa bình cùng với nó.

Trong phần cảnh cuối, phát thanh viên của Kênh Pokémon được tiết lộ là Riku khi Lisa yêu cầu được biết bằng cách nào anh ấy biết cô ấy ở đâu. Satoshi và Pikachu tiếp tục cuộc hành trình phiêu lưu của họ.